Hermann Usener wurde am 23. Oktober 1834 in Weilburg an der Lahn geboren. 1853 begann er sein Philologie-Studium, zuerst in Heidelberg, dann folgten München, Göttingen und schließlich Bonn, wo er 1858 mit einer Arbeit über Theophrast promovierte. Danach arbeitete Usener bis 1861 als Gymnasiallehrer in Berlin.
Nach Stationen an den Universitäten Bern und Greifswald nahm er 1866 – als Nachfolger von Friedrich Wilhelm Ritschl – einen Ruf als ordentlicher Professor an die Universität Bonn an. Im gleichen Jahr heiratete er Lily Dilthey, Schwester des Archäologen Karl Dilthey und des Philosophen Wilhelm Dilthey.
In seinen letzten Lebensjahren konnte Usener sein Arbeitspensum aufgrund eines Augenleidens nicht mehr so fortführen, wie er es gewohnt war. Nachdem er 1902 emeritiert wurde, verstarb er drei Jahre später, am 21.10.1905, in Bonn.
Gemeinsam mit seinem Freund und Kollegen Franz Bücheler (1837-1908) bescherte Hermann Usener der Philologie in Bonn eine „Blütezeit“. So offenbarte er der Gelehrtenwelt, dass mit einer akribischen Untersuchung von Handschriften der Antike und des Christentums neue geschichtliche Erkenntnisse gewonnen werden können. Damit eröffnete er der klassischen Philologie im 19. Jahrhundert die Möglichkeit, ihre bisherigen Grenzen zu überschreiten und interdisziplinär zu wirken.
Aber er war nicht nur Vordenker, sondern auch ein begnadeter Lehrer. Sein ehemaliger Schüler, Eduard Schwartz, hob in seiner Rede auf dessen Tod hervor, dass es Usener wichtig war, dass seine Studenten bei ihm lernten, selbständig zu denken. Für Useners Vorlesungen fand er die Worte „originell“, „lebendig“ und „tiefsinnig“.
Hermann Usener, der zweifelsohne zu den großen Philologen seiner Zeit gehört, war ein Liebhaber der Kleinschreibung, wovon seine überlieferten Briefe zeugen. Im Nachlass Usener, der in der ULB aufbewahrt wird, finden sich 200 Briefe seiner selbst sowie Fotos, Zeugnisse, Tagebücher und ca. 5000 an ihn adressierte Briefe (u.a. von Theodor Mommsen und Ulrich von Wilamowitz-Moellendorf).
Der Nachlass kann in Kalliope, einem Inhaltsverzeichnis und in den Digitalen Sammlungen der ULB recherchiert werden.