Handschriften
Die ULB Bonn besitzt einen mittelgroßen Handschriftenbestand. Er umfasst 498 abendländische und 272 orientalische Manuskripte. Die 185 mittelalterlichen Buchhandschriften werden ergänzt durch eine Sammlung von Handschriftenfragmenten.
Abendländische Handschriften
Die abendländischen Handschriften entstammen zum großen Teil rheinischen bzw. westdeutschen Herren- und Klosterbibliotheken. Zum überwiegenden Teil besteht der Bestand aus theologischer Literatur. Einige neuzeitliche Handschriften wurden inzwischen digitalisiert und in den Digitalen Sammlungen der ULB Bonn bereitgestellt.
Handschriftenfragmente
Die beim Neueinband alter Handschriften oder Drucke häufig anfallende Handschriftenmakulatur wurde in der ULB Bonn bis ins 20. Jahrhundert hinein je nach Einschätzung ihrer Bedeutung in den Bestand eingereiht oder unverzeichnet gesammelt, aber zumTeil sehr wahrscheinlich auch endgültig makuliert.
Orientalische Handschriften
Die orientalischen Handschriften stammen zum größten Teil aus Gelehrtenbibliotheken. Die Sammlung setzt sich aus dem Bibliotheksbestand der Universität Duisburg sowie zwei großen Handschriftenkomplexen aus dem Orientalischen Seminar der Universität Bonn und des Orientalisten Wilhelm Heffening zusammen.